Z/X: Код воссоединения

После продолжительной войны между человечеством и зексами - существами из пяти параллельных миров - устанавливается перемирие. Дальнейшая судьба миров зависит от девочки Адзуми Кагамихары, отличающейся слабым здоровьем, и её партнёра Ригеля. Ригель является зексом из Голубого Мира и обладает хладнокровным характером.

Адзуми предстоит обучение в Академии Фудзимисаки. Это учебное заведение построено специально для подготовки пар, состоящих из человека и зекса. Система академии направлена на формирование навыков совместной работы между представителями разных миров.

После зачисления в академию Адзуми знакомится с другими ученицами. Вместе они приступают к регулярным тренировкам. Учебный процесс включает развитие как физических, так и ментальных способностей, необходимых для поддержания хрупкого мира между человечеством и зексами.