Действие разворачивается в средневековой Японии, в горной деревне народа эмиси. На поселение нападает Наго — гигантский вепрь, превратившийся в демона из-за одержимости ненавистью. Сын вождя Аситака убивает животное, чтобы защитить деревню, но во время схватки зверь ранит его в руку. Через рану передаётся проклятие. Согласно обычаям племени, Аситаку изгоняют, и он отправляется в путь, чтобы найти способ исцелиться или погибнуть. Во время путешествия Аситака сталкивается с конфликтом между

Сатоши и его спутники прибывают в город Ларусс. Там они знакомятся с мальчиком по имени Тоои Ронд. Четыре года назад он пережил психологическую травму, из-за которой теперь испытывает страх перед покемонами. Жители города и гости продолжают свои повседневные дела, не подозревая о надвигающейся угрозе. В это время Деоксис, полностью восстановивший силы после предыдущего боя, начинает атаку на регион Хоэнн. Он создает силовой барьер вокруг города, блокируя пути выхода и связи с внешним миром.