События разворачиваются спустя несколько столетий после XX века. Применение ядерного и биологического оружия привело к разрушению экосистемы Земли. Большая часть планеты загрязнена и приходит в упадок. Множество видов растений и животных вымерло. Мир движется к «Большой шестерке» — шестому массовому вымиранию. Человечество построило города в небе, переместив туда вымирающие виды флоры и фауны. За долгие годы изолированные животные эволюционировали в этих городах. Благодаря искусственному

Девочка по имени Такада переезжает из города в деревню из-за работы отца. Она переводится в местную школу, где одноклассники встречают её настороженно. Её принимают за бога-ребёнка Матасабуро, который, согласно местным поверьям, появляется в начале сезона тайфунов. Такада является девочкой, что не соответствует образу этого божества, но это не меняет отношения окружающих. Жизнь в деревне становится для неё неприятной, и она хочет вернуться в город. Ситуация меняется после случайной встречи

Третьеклассница Химэно переезжает в большой особняк в сельской местности. Вскоре она обнаруживает, что здание является домом ниндзя. Персонажи Акамаки, Аомаки и Кииромаки ошибочно принимают Химэно за принцессу и начинают решать её проблемы, используя свои уникальные способности. Ниндзя обладают способностью к объединению. При слиянии Аомаки и Кииромаки образуется Мидоримаки. Аналогично, Акамаки и Аомаки формируют Мурасакимаки, а Акамаки и Кииромаки — Дайдаймаки. Эти комбинации расширяют их

Айко проживает в синтоистском святилище. В храме находится раздвижная дверь с росписью, которая завершена лишь наполовину. Девочка в детстве планировала дорисовать её, когда повзрослеет. К моменту событий Айко исполняется 17 лет, и она сосредоточена на повседневных делах, не имея возможности заниматься этим замыслом. Однажды перед воротами святилища появляется незнакомый молодой человек. Дед Айко, являющийся главным священником, предлагает гостю временное проживание в храме. Айко выражает