Вспышка неизвестного происхождения превратила всех людей на Земле в камень. Прошло несколько тысяч лет. Старшеклассник Тайдзю Оки пробуждается от каменного сна и обнаруживает, что вокруг остались только безжизненные статуи. Мир, который он знал, перестал существовать. Тайдзю встречает своего друга Сэнку Исигами, который очнулся от окаменения несколькими месяцами ранее. Сэнку обладает глубокими познаниями в естественных науках. Он уже успел адаптироваться к новым условиям и разработать план

Сёко Коми, новая ученица старшей школы, с первого дня привлекает внимание окружающих благодаря своей внешности. Одноклассники воспринимают её как неприступную и элегантную девушку. Хитохито Тадано, сидящий за соседней партой, замечает, что за этим впечатлением скрываются серьёзные трудности в общении. Коми испытывает сильную тревогу при взаимодействии с людьми, что мешает ей заводить знакомства. Тадано случайно узнаёт о желании Коми найти сто друзей. Он решает помочь ей в достижении этой цели.

Человечество внезапно окаменело в результате неизвестного явления. Спустя несколько тысяч лет Сэнку Исигами, обладающий выдающимися научными знаниями, приходит в себя в мире, где цивилизация полностью исчезла. Он решает восстановить общество, используя науку. К нему присоединяются другие пробудившиеся люди, и вместе они основывают Научное королевство. Сэнку и его союзники последовательно воссоздают технологии от базовых до более сложных: огонь, металлообработка, электричество, стекло и