В начале 21 века произошла межпланетная война. Планета Земля была разрушена, большая часть экосистемы уничтожена. Жизнь на планете стала невозможной, и население было вынуждено переселиться на другие планеты. Глубинная галактическая торговая организация - тоталитарное правительство, контролирующее многие из заселённых планет - пришла к выводу, что музыка является источником зла. Организация запретила музыку и стремится уничтожить все её проявления. В ответ на это формируется группа AKB0048,

Правительство ввело более строгие ограничения на несанкционированные мероприятия, однако концерты и сражения продолжаются. Объявлено о проведении всеобщих выборов среди участниц группы АКБ0048. Вместе с Нагисой и другими девушками предстоит выяснить обстоятельства, связанные с деятельностью команды 00. Также раскрываются новые сведения о кирарах — музыкальных частицах света, которыми обладают участницы. Часть информации касается прошлых событий, повлиявших на текущую ситуацию. Сюжет