Главный герой Такато получает цифрового питомца - дигимона по имени Гилмон. Он планирует поездку на отдых в Окинаву и берет Гилмона с собой. Там Такато знакомится с другим укротителем дигимонов по имени Минами. Во время отдыха персонажей на пляже в Японии происходит инцидент: популярный компьютерный питомец превращается в вирус. Этот вирус заражает большое количество компьютеров по всей стране. Возникает угроза масштабного сбоя в работе цифровых систем. Такато начинает расследовать причины

Группа из пяти детей после нападения врагов оказывается на изолированном острове в Цифровом мире. Остров населён двумя типами дигимонов: звериным и человеческим. Между этими группами идёт война за контроль над территорией и ресурсами. Дети обнаруживают, что конфликт мешает обеим сторонам существовать в стабильных условиях. В ходе исследования острова дети замечают, что один дигимон звериного типа и один дигимон человеческого типа установили дружеские отношения. Этот союз игнорирует общую вражду

Мальчик по имени Такуя получает на свой телефон загадочное сообщение. Прочитав его, он отправляется на станцию, указанную в тексте. Прибыв на место, Такуя оказывается в необычном пространстве, где находятся дети и поезда. Он садится в один из поездов вместе с четырьмя другими людьми. Поездка приводит их в Цифровой мир, который нуждается в спасении. В этом мире персонажам предстоит найти духов. Используя эти объекты, они смогут превращаться в дигимонов. Поиск духов является основной задачей