Криминальный гений Джеймс Мориарти терпит поражение в противостоянии с известным детективом и перерождается в виде призрака в другом мире. Он оказывается в теле Шерри Мориарти — ученицы элитной академии «Олл Блю», которая подвергается систематической травле со стороны одноклассников. В момент появления Джеймса девушка пытается покончить с собой, но он успевает предотвратить это. Джеймс утратил воспоминания о своём имени и прошлом, но сохранил навыки организации преступлений. Он решает помочь

Сюжет разворачивается вокруг внезапного появления неопознанного противника, называемого Неизвестным. В ответ на эту угрозу было создано специализированное агентство — Управление по развитию суперэволюционных железных дорог. Данная организация разработала роботов, способных трансформироваться из высокоскоростных поездов, которые получили название Синкалион. Основная функция Синкалионов заключается в противодействии атакам Неизвестного. Персонажи, управляющие этими роботами, проходят подготовку