Десятилетняя Тихиро Огино вместе с родителями направляется к новому дому в японской глубинке. Срезав путь через лес, они проходят через мощёный тоннель и оказываются в заброшенном городке. На прилавках местных лавок разложены деликатесы, но людей нигде не видно. Родители решают перекусить, планируя расплатиться позже. Тихиро отправляется исследовать окрестности и встречает мальчика по имени Хаку, который настаивает на её немедленном уходе. К вечеру город наполняется странными звуками и тенями.

Аниме является экранизацией одноименного романа Томихико Морими. Сюжет сосредоточен на четверокласснике по имени Аояма, который систематически изучает окружающий мир и фиксирует свои наблюдения в тетради. Его главный интерес вызывает девушка из стоматологической клиники, которую он называет «старшей сестрой». Она общительна и доброжелательна, но Аояма считает ее поведение загадочным и пытается понять ее истинную природу. Мальчик стремится в будущем стать «великим человеком» и уделяет много

В мире начинают происходить необычные инциденты: люди, обладающие сверхспособностями, совершают самоубийства. Каждый такой случай сопровождается появлением загадочного тумана. Причины и механизмы этих событий остаются неясными. Ситуация привлекает внимание различных организаций, занимающихся расследованием паранормальных явлений. Член «Вооружённого детективного агентства» Анго Сакагути обращается к своим коллегам с просьбой о помощи. Он подозревает, что к серии самоубийств причастен