Космический линкор Ямато

В 2199 году инопланетная раса из Империи Гамилус под руководством Лорда Деслера атакует Землю с целью завоевания. Атмосфера родной планеты Гамилус содержит радиацию, поэтому они обстреливают поверхность Земли радиоактивными астероидами. Это делает жизнь на поверхности непригодной для людей, и человечество вынуждено переселиться в подземные города. Однако радиация постепенно проникает и в подземные убежища, угрожая полным уничтожением населения.

На Марсе терпит крушение космический корабль неизвестной цивилизации. Сусуму Кодай и Дайсукэ Сима находят на борту тело погибшей девушки и послание от правительницы планеты Искандер. В расшифрованном сообщении Старся Искандар предлагает землянам помощь в борьбе с угрозой. Она приглашает их на свою планету, где находится устройство, способное очистить поверхность Земли от радиоактивного загрязнения. К посланию прилагается инструкция для создания мощного космического двигателя.

Главные герои находят затонувший во время Второй мировой войны корабль "Ямато". Они модифицируют его, используя полученные технологии, и под командованием капитана Дзюдзо Окиты отправляются в космическое путешествие к Искандеру. У экипажа есть ровно один год на завершение миссии. Если они не успеют вернуться с устройством за это время, человеческая раса будет полностью уничтожена радиацией.