Аниматрица

Эпизод «Последний полёт "Осириса"» повествует об исследовательском корабле «Осирис», экипаж которого обнаруживает армию вторжения. Один из членов команды проникает в виртуальное пространство Матрицы, чтобы доставить предупреждение. Остальные участники экипажа пытаются обеспечить ей достаточно времени для выполнения задачи, вступая в бой с роботами-стражами.

В эпизодах «Второе возрождение» описывается попытка людей создать искусственный интеллект, сопоставимый с человеческим. Между людьми и машинами возникают разногласия, которые перерастают от протестов роботов и создания ими собственного государства в полномасштабную войну. Люди применяют климатическое оружие, чтобы закрыть небо облаками и лишить роботов основного источника энергии. В ответ машины находят альтернативный источник питания — самих людей. В итоге люди проигрывают войну, становясь источниками энергии, заключёнными в виртуальную реальность Матрицы.

Эпизод «Детская история» рассказывает о подростке, который после сверхреалистичного сна осознаёт, что окружающий мир является симуляцией Матрицы, а реальность — то, что он видел во сне. За ним начинают охоту люди в одинаковых костюмах. Подросток пытается скрыться, получая помощь от Нео. В эпизоде «Программа» действие происходит в симуляции, созданной главной героиней Сис, которая выполнена в стилистике средневековой Японии. Эпизод «Мировой рекорд» описывает спортсмена Дэна Дэвиса, который во время важного забега перенапрягается, получает травму, но продолжает бежать. Его усилия приводят к тому, что он частично просыпается в реальном мире, видя робота-сборщика. Агенты, вселившиеся в других спортсменов, пытаются его догнать, но не могут. Дэн пересекает финиш с невероятным результатом, но полученная травма лишает его части двигательных функций, и Агенты оставляют его в живых. Находясь в инвалидной коляске, Дэн решает бороться с Матрицей и пытается встать на ноги.

В эпизоде «По ту сторону» девушка, ищущая свою пропавшую кошку, находит странный дом, где дети играют в компании. В этом доме искажается гравитация и происходят другие аномалии. Матрица обнаруживает «ошибку рендеринга» в этой локации и направляет туда отряд зачистки. Эпизод «Детективная история» начинается с того, что частный детектив Эш, одетый в стиле нуарных романов, прикуривает сигарету и направляет пистолет на кого-то в поезде. Предыстория раскрывает, что он получил задание найти таинственного хакера Тринити. Следуя по подсказкам, он оказывается в поезде, где понимает, что подошёл слишком близко к тайнам Матрицы. Через него Агенты пытаются захватить Тринити. Эш осознаёт, что она — его шанс понять происходящее. Агенты, люди в чёрных очках и строгих костюмах, преследуют их. Отбиваясь, Эш сам почти превращается в агента, и Тринити решает, что он «не справился», стреляя в него. Однако детектив говорит, что хотел бы пойти с ней, виня себя в неудаче. Тринити возражает, что «тест и выбор — не одно и то же», и исчезает, выпрыгивая из поезда. В вагон вбегают Агенты, и Эш наводит на них пистолет.

Эпизод «Посвящённый» происходит в далёком будущем, во время войны между людьми и машинами. Главный персонаж — робот модели «Раннер», который оказывается одним из первых машин, подключённых к Матрице.