Исчезновение Харухи Судзумии

Глава школьного клуба SOS Судзумия Харухи объявляет, что рождественский вечер будет проведён в комнате клуба. Члены клуба начинают подготовку к мероприятию.

Через несколько дней по пути в школу главный герой Кён замечает несоответствия в реальности. Его друг Танигути ведёт себя странно и не помнит предыдущий разговор. В классе отсутствует Харухи, а на её месте сидит Рёко Асакура, которая ранее была стёрта из существования. Микуру Асахина не узнаёт Кёна. Нагато, обычно молчаливая девушка с особыми способностями, предстаёт как обычная ученица и единственный член литературного клуба.

Выясняется, что бригада SOS и сама Харухи никогда не существовали в этой школе. Реальность изменилась, и Кён оказывается в мире, где его знакомые события и люди исчезли.