Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После поражения последнего Ангела организация Nerv сталкивается с противодействием со стороны комитета Seele. Главный пилот Евангелиона Синдзи Икари находится в состоянии депрессии и нерешительности. Ему предстоит сделать выбор между принятием человеческого существования и отказом от индивидуальности. Параллельно командующий Nerv Гэндо Икари готовится к реализации проекта совершенствования человечества.

Для осуществления своего плана Гэндо Икари намерен использовать пилота Рей Аянами и существо Лилит. Их роль в проекте связана с изменением природы человеческой расы. События развиваются на фоне приближающегося конфликта между Nerv и Seele, где каждая сторона преследует собственные цели относительно будущего человечества.

Данное произведение представляет собой альтернативную версию финала аниме-сериала «Евангелион нового поколения». В отличие от заключительных эпизодов сериала, получивших неоднозначную оценку зрителей, фильм предлагает иное завершение сюжетной линии. Кульминация истории включает решающее противостояние, которое определяет дальнейшую судьбу мира и всех персонажей.