Воины-марионетки от Джей до Икс

События разворачиваются спустя несколько месяцев после финала OVA-сериала «Saber Marionette J». Главный герой Отару продолжает свою жизнь в компании марионеток Лайм, Черри и Бладберри. Эти андроиды женского типа обладают самосознанием и испытывают к Отару сильную привязанность.

Антагонист Фауст возвращается и вновь начинает эксперименты с технологией марионеток. Он использует сабер-кукол — андроидов, созданных по образцу марионеток Отару. Эти куклы оказываются в ситуации внутреннего конфликта: они испытывают преданность Фаусту как создателю, но также начинают развивать чувства к Отару.

Отару, Лайм, Черри и Бладберри пытаются противостоять планам Фауста. Исход противостояния определит, смогут ли марионетки сохранить свою целостность и независимость. Технологические эксперименты Фауста ставят под угрозу не только героев, но и основы существования андроидов в этом мире.