Синко с вихром и тысячелетняя магия

События разворачиваются в 1955 году в небольшом городе Хофу, окруженном рисовыми полями. Тысячу лет назад на этой территории находилась древняя столица Суо-но-Куни. Главная героиня Синко Аоки учится в третьем классе начальной школы и происходит из одной из уважаемых семей города. Она энергична и выступает лидером среди местных детей, постоянно находя занятия и приключения.

В класс Синко переводится новая ученица из Токио по имени Киико Симацу. Девочка привыкла к жизни в большом городе и чувствует себя неуютно в тихой провинции. Местные дети относятся к ней с некоторой настороженностью. Несмотря на это, Синко и Киико сближаются и начинают проводить вместе все свободное время.

Однажды девочки обнаруживают исследовательскую группу, проводящую раскопки древнего строения. Выясняется, что это был дом губернатора, где жила его дочь - ровесница Синко и Киико. У девочек возникает вопрос о том, какой была эта девочка из прошлого, и появляется желание встретиться с ней.