Карточные бои Авангарда: Неоновый Мессия

События фильма разворачиваются после завершения сериала «Карточные бои Авангарда: Товарищество легиона». Карточная игра «Авангард» прочно вошла в повседневную жизнь многих персонажей, включая Айти Сэндо и Тосики Кая. Привычный порядок нарушает Такуто Тацунаги, который объявляет о проведении турнира по приглашениям. Он собирает сильнейших игроков со всего мира, в том числе Айти и Тосики. Такуто организует это соревнование с намерением предотвратить разрушение мира. Главный приз турнира — карта «Гармоничного Мессии».

Одновременно с турниром по миру прокатывается волна исчезновений воинов, использующих карты «Авангарда». Выясняется, что за этими событиями стоит Кодзи Ибуки. Его мотивы и цели остаются неясными, но он представляет собой серьёзную угрозу для участников турнира и всего мира. Исчезновения игроков создают дополнительное напряжение среди участников, вынуждая их искать способы противостоять этой скрытой опасности.

Айти и Тосики оказываются в центре конфликта, где им предстоит одновременно участвовать в турнире и разбираться с действиями Кодзи Ибуки. Успех в турнире может дать ключ к спасению мира, но для этого необходимо сначала нейтрализовать угрозу, исходящую от Кодзи. Исход противостояния определит, смогут ли главные герои предотвратить катастрофу и одержать победу над противником.