A.I.C.O.: Инкарнация

События разворачиваются в Японии, 2035 год. В ходе исследований искусственных организмов произошел инцидент, названный Взрывом. Один из созданных организмов, получивший название Материя, выбрался из исследовательского центра и распространился по ущелью Куробэ. Правительство закрыло доступ в исследовательский город, который ранее считался перспективным проектом для человечества.

Спустя два года пятнадцатилетняя Айко Татибана встречает переведенного ученика Юи Кандзаки. Айко потеряла всю семью во время Взрыва. Юи сообщает ей сведения о реальных обстоятельствах инцидента. Также выясняется, что в теле самой Айко скрыт секрет, связанный с произошедшим.

Ключ к разгадке находится в Первичной Точке - месте, где начался Взрыв. Айко решает отправиться в запретную зону, чтобы установить истину. В качестве проводника выступает Юи. Их сопровождает команда дайверов - людей в специальных органических костюмах, которые выполняют миссии на территории, захваченной Материей.